Term Islam Nusantara menjadi perbincangan hangat bahkan kontroversial di kalangan tokoh ulama. Bahkan term ini pun menjadi kontroversi di kalangan NU sendiri sebagai pengusung istilah ini. Namun ternyata ini berbeda dengan tokoh kyai Ahmad Baso. Beliau memiliki perbedaan tersendiri antara Islam Nusantara dan Islam di Nusantara. Penjelasannya santai, namun jika didalami dengan baik, maka pesan tersebut akan bisa didapat. Berikut adalah perbedaan antara Islam Nusantara dan Islam di Nusantara sebagaimana status beliau dalam laman facebook pribadi beliau (5/3/16):
Ada yg nanya, apa bedanya Mas antara ISLAM NUSANTARA dengan ISLAM DI NUSANTARA...
ibarat klub bola, ISLAM NUSANTARA itu kayak Barcelona: jago kandang, sekaligus jago tandang... bisa jawara di dalam negeri, bisa juga jumawa di luar, di liga champions hingga ke piala dunia antar klub..keluar menang tanpa ngasorake...
itulah karakter keilmuan ulama ISLAM NUSANTARA...
sedangkan ISLAM DI NUSANTARA hanya jago kandang, pasif dan tidak berani berlaga di luar... akhirnya hanya nrimo apa saja yg dari luar... ya kayak klub inter n milan kini..
makanya harus baca buku ISLAM NUSANTARA agar jago kandang dan tandang sekaligus...